强直性脊柱炎应与腰椎炎症、椎间盘病变、弥漫性特发性骨质增生症鉴别、脊柱骨软骨病和脊髓肿瘤所引起的腰痛相鉴别,还应与幼年变形骨软骨病及先天性髋关节脱位引起的髋关节及大腿疼痛相鉴别。早期,尤以外周关节炎为首发症状者应与类风湿关节炎鉴别,还应与其他脊柱关节病鉴别。
同时,溃疡性结肠炎、限局性小肠炎、银屑病关节炎及瑞特综合征可合并脊柱炎,但上述各病除脊柱炎外还具有本身的临床特点可以鉴别。
幼年型强直性脊柱炎发病时腰、背痛等中轴关节症状少见。由于骨骼发育不成熟,骨盆片对早期骶髂关节炎诊断的帮助不大。脊柱强直更是发生于关节炎、附着点病等出现多年以后。实际上多为回顾性诊断,应与幼年类风湿关节炎、幼年红斑狼疮鉴别。
晚起病的强直性脊柱炎起病时脊柱症状轻或缺如,发生关节炎关节数目少且轻,血沉增快,可有下肢凹陷性水肿,应与血清阴性滑膜炎鉴别。后者常见于50岁以后人群,但预后良好。晚起病的强直性脊柱炎,则数年后出现骶髂关节炎和脊柱受累,且非甾体抗炎药不佳。